С 1981 г. является директором ТАГТОиБ им. М. Джалиля. За 40 лет театр под началом Рауфаля Мухаметзянова стал одним из ведущих российских центров музыкального искусства. 

В 1988 г. Р.С.Мухаметзянов реформировал художественно-административную структуру театра, впервые в России ввел должности художественных руководителей оперы и балета. В результате использования контрактной системы с ее жесткой конкуренцией и возможностью широко применять практику приглашения исполнителей-гастролеров, театр достиг практически фестивального уровня исполнения спектаклей текущего репертуара.

В 1982 г. стал инициатором проведения и организатором оперного фестиваля им. Ф.Шаляпина. Появившись в ранге всероссийского, в 1991 г. фестиваль получил статус международного. В 1987 году в Казани был основан фестиваль классического балета  (с 1992 года - международный). В 1992 году по приглашению Р.Мухаметзянова столицу Татарстана дважды посетил выдающийся танцовщик Рудольф Нуриев. 21 мая 1992 года Нуриев продирижировал в Казани спектаклем «Щелкунчик», после чего дал согласие на то, чтобы казанский балетный форум носил его имя.  

Международный оперный фестиваль им.Ф.И.Шаляпина и Международный фестиваль классического балета им.Р.Нуриева как основоположники фестивального движения в России по праву вписаны в историю развития мирового музыкального театра.

В конце 1980 – начале 1990-х гг. Рауфаль Мухаметзянов первым в России создал уникальную художественно-административную модель театра, объединяющую распространенную в Европе систему Stagione и традиционный для России репертуарный театр. Новая модель деятельности позволила привлекать (на контрактной основе) к работе над спектаклями наиболее талантливых исполнителей, режиссеров, балетмейстеров, художников. Конец 1990-х гг. в репертуарной политике был ознаменован серией «переносов» постановок и декорационного оформления спектаклей, вошедших в золотой фонд музыкально-театрального искусства («Борис Годунов» и «Царская невеста» в оформлении Ф.Федоровского, «Кармен» - А.Головина, «Пиковая дама» - В.Дмитриева, «Аида» - Е.Чемодурова и др.). С начала 2000-х гг. Рауфаль Мухаметзянов одним из первых в стране стал налаживать творческие контакты с зарубежными постановочными группами из Италии, Франции, Великобритании, Германии, Королевства Нидерланды. В 2005 году театр был капитально реконструирован, установлено современное световое, звуковое оборудование, модернизирована машинерия сцены, благодаря чему появилась возможность создавать высокотехнологичные, эффектные постановки. В рамках международных проектов был создан ряд спектаклей в русле актуальных тенденций мирового музыкального театра.

В 2010-е театр выработал собственную репертуарно-постановочную политику, которой осознанно придерживается на протяжении последнего десятилетия. Большая часть постановок театра выполнена в стилистике «большой оперы»/«большого балета» с акцентом на эстетическую красоту оформления, соответствие эпохе и стилю исходного сочинения, обеспечение высочайшего качества исполнения. 

С 1993 по 2020 годы театр проводил ежегодные международные турне балетной и оперной труппы по странам Западной Европы (Королевство Нидерланды, Бельгия, Германия, Швейцария, Франция, Великобритания, Люксембург, Дания, Испания, Португалия и др.), давая за рубежом более 140 спектаклей в год. В 2005 году балет «Щелкунчик» завоевал Гран-При ведущего телевизионного канала Нидерландов AVR02 как лучшая сценическая постановка. В 2024 году впервые состоялись гастроли театра в Китайской Народной Республике.

Рауфалем Мухаметзяновым была выдвинута идея формирования репертуара по принципу антологии, когда основой его становятся шедевры мирового музыкального театра, русская классика, а также выдающиеся произведения композиторов Татарстана. С начала 2000-х годов по инициативе Р.С.Мухаметзянова театр инициирует создание татарстанскими авторами новых музыкально-сценических произведений. Работа над каждым сочинением длится по нескольку лет: от зарождения идеи, рассмотрения перспективности той или иной сюжетной темы – через постоянные консультации с авторами и контрольные обсуждения на художественных коллегиях – до выхода спектакля на сцену. С начала 2000-х годов по заказу театра был написан целый ряд произведений – это балеты «Сказание о Йусуфе» Л.Любовского, «Золотая Орда» и «Иакинф» Р.Ахияровой, оперы «Любовь поэта» о жизни Габдуллы Тукая и «Сююмбике» Р.Ахияровой. Балет «Сказание о Йусуфе» в 2005 году был удостоен высокой награды - Государственной премии России в области культуры и искусства. Опера «Любовь поэта» в 2008 году принесла театру первую премию «Золотая маска» (награду в номинации «Лучшая мужская роль в музыкальном театре» получил исполнитель роли Тукая Ахмед Агади). Создатели и исполнители партий в балетах «Золотая Орда», «Иакинф»  и опере «Сююмбике» были удостоены Государственной премии Республики Татарстан имени Габдуллы Тукая (в 2015, 2020 и 2025 гг.).

Наряду с постановкой классических оперно-балетных названий и работой над национальным репертуаром, театр периодически обращается к поиску новых форм, создавая масштабные полистилистические полотна, кросс-жанровые постановки. В 2015 году на сцене театра состоялась премьера спектакля «Даруй нам мир» на музыку Мессы си минор И.С.Баха, в 2020-м – «И воссияет вечный свет» на музыку Реквиема В.А.Моцарта (в обоих случаях режиссером и хореографом выступил народный артист СССР Владимир Васильев).  

В 2016 году по инициативе Президента Республики Татарстан Р.Н.Минниханова на базе театра стал реализовываться новый проект - фестиваль татарской песни «Узгереш жиле». Для организации фестиваля были привлечены известные российские и международные специалисты в области эстрадного искусства, а генеральным продюсером проекта выступил Рауфаль Мухаметзянов. Командой фестиваля была проведена большая работа по переосмыслению и актуализации татарской эстрадной музыки, созданы аранжировки ко множеству песен, входящих в сокровищницу музыкального искусства республики, поставлены оригинальные шоу-номера. В январе 2020 года гала-концерт фестиваля «Узгэреш жиле» состоялся в одном из самых престижных залов мира – Карнеги-холл в Нью-Йорке (США). В декабре 2020 года в рамках фестиваля «Узгереш жиле» на сцене театра состоялась премьера первого мюзикла на татарском языке – им стал «Алтын Казан» («Золотая Казань») Эльмира Низамова. 

Рауфаль Мухаметзянов – заслуженный работник культуры России, заслуженный деятель искусств Республики Татарстан. За заслуги в области развития театрального искусства награжден Орденом Дружбы, орденом «За заслуги перед Республикой Татарстан», орденом «Знак почета». Лауреат приза «Душа танца» (в номинации «Рыцарь балета»), учрежденного журналом «Балет» (1996). Лауреат Государственной премии Республики Татарстан имени Габдуллы Тукая (2015). В 2025 году Указом Президента РФ награжден орденом «За заслуги в культуре и искусстве».